Эффективность двух доступных наборов для амплификации трех нуклеотидных полиморфизмов, содержащих GC-богатые участки: 181946 G/A (rs2293347), -191 C/A (rs712830) и -216G/T (rs712829), у больных немелкоклеточным раком легкого

Abstract

Цель исследования - сравнительный анализ двух доступных наборов, содержащих в одной реакционной смеси все реагенты и добавки, включая 100 mM Tris-НCl, 100 mM KCL, 4 mM MgSO4, 0,2% of Tween 20, необходимых для амплификации трех наиболее часто встречающихся у больных немелкоклеточным раком легкого (НМРЛ) полиморфизмов гена рецептора эпидермального фактора роста EGFR: 181946 G/A (rs2293347), -191 C/A (rs712830) и -216G/T (rs712829). Материалы и методы. Протокол для генотипирования 181946C более T, 191C более A и -216G/T был уточнен в соответствии с ранее представленными данными. Продукты полимеразной цепной реакции (ПЦР) размером 197 bp детектировали с помощью электрофореза в 2%-м агарозном геле с последующим окрашиванием этидиум бромидом. Результаты. Наборы реактивов Biomaster HS Taq-PCR Color 2× и Biomaster LR HS PCR 2× были эффективны для амплификации 181946 G/A, локализованной в интроне гена EGFR. Кроме того, полиморфизмы -191 C/A (rs712829) и -216G/T (rs712829), расположенные в промоторном участке и содержащие чрезвычайно высокое количество GC, успешно амплифицировались с помощью набора Biomaster LR HS PCR 2×. Заключение. В настоящем исследовании показано, что наборы реактивов Biomaster HS Taq-PCR Color 2× и Biomaster LR HS PCR 2× эффективны для амплификации 181946 G/A, локализованного в интроне гена EGFR. Кроме того, EGFR SNP -191 C/A, локализованный в промоторном участке с крайне высоким содержанием GC-пар, успешно амплифицировался с помощью набора реактивов Biomaster LR HS PCR 2x.Aim. To conduct a comparative analysis of two available kits that contain all necessary reagents and additives in a single reaction mixture, including 100 mM Tris-НCl, 100 mM KCL, 4 mM MgSO4, 0.2% of Tween 20, for the amplification of the three most common EGFR (epidermal growth factor receptor) gene polymorphisms in patients with non-small cell lung cancer (NSCLC): 181946 G/A (rs2293347), -191 C/A (rs712830) and -216G/T (rs712829). Materials and methods. The protocol for genotyping 181946C more T, 191C more A and -216G/T was refined according to previously reported data. Polymerase chain reaction (PCR) products measuring 197 bp were detected using electrophoresis in a 2% agarose gel, followed by staining with ethidium bromide. Results. The Biomaster HS Taq-PCR Color 2× and Biomaster LR HS PCR 2× reagent kits were effective for amplification of 181946 G/A polymorphism located in the intron of the EGFR gene. Additionally, polymorphisms -191 C/A (rs712829) and -216G/T (rs712829), located in the promoter region and containing a high GC content, were successfully amplified using the Biomaster LR HS PCR 2× kit. Conclusion. The present study shows that the Biomaster HS Taq-PCR Color 2× and Biomaster LR HS PCR 2×reagent kits are effective for amplification of 181946 G/A polymorphism located in the intron of the EGFR gene. Furthermore, the EGFR SNP -191 C/A, located in the promoter region with a high GC content, was successfully amplified using the Biomaster LR HS PCR 2× reagent kit.